Кажется, что ответ на этот вопрос уже заключён в самом вопросе, но это не так. Да Винчи — это не фамилия, а указание на тот факт, что Леонардо происходил из городка Винчи. Читать это следует так: Леонардо из Винчи.
А какова же была фамилия итальянского гения? По всей видимости, никакой: отец Леонардо, нотариус по имени Пьеро, не мог жениться на своей возлюбленной, простой крестьянке Катерине. Вскоре после рождения мальчика его отец вступает в брак с девушкой знатного и богатого рода, а спустя три года забирает маленького Леонардо на своё попечение и заботится о нём как о законном сыне.
Леонардо Да Винчи