Социальное неравенство, поиск истины в Священном Писании, желание найти Царство Божье – все это способствовало образованию в России многочисленных сект, переосмысливавших традиционное православное учение. В XIX веке каждый, будь то крепостной крестьянин, мещанин или интеллигент, мог найти религиозное течение, отвечавшее на волнующие его вопросы. Одни выбирали радикальный аскетизм, другие становились пацифистами, третьи отвергали иконы и шли на прямой конфликт с церковью и обществом.
Молоканство было распространено среди свободных сословий больше, чем хлыстовство или духоборчество, так как не требовало от своих последователей исключительного аскетизма (при этом были среди молокан и крепостные крестьяне). В 1850-е из молокан выделились прыгуны, отличавшиеся молитвенным рвением и строгостью нравов. В конце XIX веке в Российской империи проживало около полумиллиона молокан. Ильф и Петров в повести «Одноэтажная Америка» упомянули встречу с последователями молоканского учения из Сан-Франциско.
Субботничество считало Иисуса Христа не сыном божьим, а простым пророком. Отрицалась троица, вместо которой проповедовался иудейский монотеизм. Было распространено обрезание. В XIX веке численность адептов учения составляла порядка 30 тысяч человек. Они жестоко преследовались ортодоксальной церковью и антисемитами. Как и в случае с остальными сектами, давление на субботников было усилено при Николае I (использовалась формулировка «наивреднейшая из сект»).
Общины хлыстов назывались «кораблями». Согласно их учению, человеческие души после грехопадения попали в темницу плоти, которая считалась творением сатаны. Первые хлысты отличались аскетизмом. Им нельзя было заводить семьи и участвовать в праздниках – вместо этого требовалось соблюдать строгий пост. Со временем течение разделилось на несколько направлений. «Умеренные» хлысты окончательно порвали с Православной церковью только в 1905 году. Сделано это было Василием Лубковым, возглавившим сообщество «Новый Иерусалим». Незадолго до революции его последователи уехали в Уругвай в поисках Царства Божьего. Затем часть этих хлыстов вернулась в Советскую Россию – их организация распалась из-за коллективизации. Моление хлыстов (радение) описано в романе Максима Горького «Жизнь Клима Самгина».
Члены секты верили, что Христос воплотился в Селиванове, а сам он не умер, а скрывается в Иркутской губернии. Селиванов должен был начать Страшный Суд после того, как количество скопцев достигло бы 144 тысяч человек. Правда, радикальность течения помешала ему стать массовым явлением. Больше всего общин скопцев появилось в Сибири и на Кавказе, куда их ссылали. «Белые голуби» считали скопцем Александра I. Секта окончательно распалась в 1930-е гг.
Духоборчество было религиозным течением социально-политической направленности. Один из тезисов гласил, что царь вовсе не помазанник Божий (и никто не мог быть ничьим подданным, так как все люди равны). Духоборы не служили в армии и прятали дезертиров – из-за заповеди «не убий». При Александре I их сослали в Таврию, затем – в Закавказье. Компактные общины сохранились в Грузии, потомки духоборов живут сегодня и в Канаде.